Федеральное государственное бюджетное водохозяйственное   учреждение "Центррегионводхоз" (ФГБВУ "Центррегионводхоз") создано на основании приказа Министерства природных ресурсов Российской Федерации от 30.11.1999 № 257 путем реорганизации в форме выделения из состава Московско-Окского бассейнового водохозяйственного управления участка по эксплуатации гидроузла на р. Десна, бассейновой гидрохимической лаборатории, автотранспортного цеха  и информационно-аналитического отдела.

В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 31.12.2004 № 1745-р, Федеральное государственное бюджетное водохозяйственное учреждение "Центррегионводхоз" находится в ведении Федерального агентства водных ресурсов.

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 07.12.2006 № 1692-р и в соответствии с приказом Федерального агентства водных ресурсов от 25.12.2005 № 299 ФГБВУ "Центррегионводхоз" реорганизовано в форме присоединения к нему ФГУ по строительству гидроузлов в бассейне реки Пахры "Пахрагидрострой".

В соответствии с приказом Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации от 05.08.2019 № 522, Федеральное государственное бюджетное водохозяйственное учреждение "Центррегионводхоз" было реорганизовано путем присоединения к нему 45 подведомственных Федеральному агентству водных ресурсов бюджетных учреждений.

Целями деятельности ФГБВУ "Центррегионводхоз" являются:

• осуществление мер по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории двух и более субъектов Российской Федерации, а также в отношении водных объектов, по которым проходит государственная граница Российской Федерации;

• осуществление мероприятий по охране водоемов, которые полностью расположены на территориях соответствующих субъектов Российской Федерации и использование водных ресурсов которых осуществляется для обеспечения питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения двух и более субъектов Российской Федерации, в соответствии с перечнем таких водоемов, установленным Правительством Российской Федерации, а также по охране морей или их отдельных частей, предотвращению их загрязнений, засорения и истощения вод, осуществление мер по ликвидации последствий указанных явлений.